علامه حسن‌زاده آملی عالمی کم‌نظیر و بدون شک یکی از ستون‌های علمی و اسوه‌های عملی حوزه‌های علمیه بود. محضر او محضر علم و دانایی و صفا و نورانیت بود. در محضر او، گذر زمان احساس نمی‌شد. او از مصادیق اتمّ کسانی بود که دیدن‌شان، سکوت‌شان، سخن‌شان، نگاه‌شان، راه رفتن‌شان و نشست و برخاست‌شان یاد خدا را در دل‌ها زنده می‌کرد.
در درون‌شان صد قیامت نقد هست
کمترین آنکه شود هم‌سایه مست
او به حق وارث علوم عقلی و فلسفی و عرفانی مسلمین بود؛ او عمر گرانمایه خویش را صرف احیای تراث فلسفی و عرفانی مسلمین و پرورش شاگردانی برای تداوم این راه کرد.
علامه حسن‌زاده آملی انسانی فوق‌العاده بزرگ بود؛ اما چیزی که او را در چشم ما بزرگ‌تر می‌کرد و بصیرت و خلوص این عارف ربانی را آشکارتر می‌ساخت، دفاع بی‌چون و چرا و بی‌چشم‌داشت از ولایت و ولی بود. او به گواهی گفتارها و نوشتارهایش حقیقتاً ذوب در ولایت بود. او حضرت آیت‌الله خامنه‌ای را نائب المهدی و واجب الطاعة می‌دانست و خود را به منزله سربازی برای ولایت تلقی می‌کرد.
علامه حسن‌زاده در مقدمه کتاب «انسان در عرف عرفان» درباره رهبر فرزانه انقلاب اسلامی حضرت آیت‌الله خامنه‌ای چنین نگاشته است:
« رهبر عظیم الشان کشور بزرگ جمهوری اسلامی ایران جناب آیت‌الله المعظم خامنه‌ای کبیر (متع الله الاسلام و المسلمین بطول بقائه الشریف) قائد ولیّ وفیّ، و رائد سائس حفیّ، مصداق بارز «نرفع درجات من نشاء» می‌باشد. عزّت و شوکت روزافزون آن قائد اُسوه‌ی زمان را همواره از حقیقة الحقائق مسئلت دارم و امیدوارم دادار عالم و آدم همواره سالار و سرورم را سالم و مسرور دارد».
و در جمله مشهور دیگری درباره لزوم ولایت‌پذیری همگان چنین می‌فرماید:
« گوش‌تان به دهان رهبر باشد، چون ایشان گوش‌شان به دهان حجةبن‌الحسن (عجل‌الله فرجه) است».
روحش شاد و راهش پر رهرو باد.
مهم‌ترین آثار علامه حسن‌زاده آملی
در موضوعات عرفانی، فلسفی، کلامی، تفسیری، روایی، رجالی، فقهی و ادبی
عرفانی
الهی نامه، تصحیح رساله مکاتبات، تصحیح و تعلیق تمهید القواعد، تصحیح و تعلیق رساله تحفه الملوک، تصحیح و تعلیق شرح فصوص خوارزمی، تصحیح و تعلیق شرح فصوص قیصری،رساله انّه الحق،رساله‌ای در سیر و سلوک،رساله لقاءالله،رساله مفاتیح المخازن،رساله نور علی نور در ذکر و ذاکر و مذکور، شرح طائفه‌ای از اشعار و غزلیات حافظ ، شرح فصوص الحکم، عرفان و حکمت متعالیه، قرآن و عرفان و برهان از هم جدایی ندارد، کلمه علیا در توقیفیت اسماء،مشکات القدس علی مصباح الأنس، منشئات، وحدت از دیدگاه عارف و حکیم،ولایت تکوینی،دروس معرفت نفس (153 درس در نفس‌شناسی)
فلسفی
الاصول الحکمیه، الحجج البالغه علی تجرد النفس الناطقه، النور المتجلّی فی الظّهور الظّلّی،ترجمه و تعلیق الجمع بین الرّأیین،ترجمه و شرح سه نمط آخر اشارات،تصحیح و تعلیق شفا،تصحیح و تعلیق اشارات،تقدیم و تصحیح و تعلیق آغاز و انجام،تقدیم و تعلیق راسله اتحاد عاقل به معقول،دررالقلائد علی غررالفرائد
دروس اتحاد عاقل به معقول،رساله اعتقادات،رساله العمل الضابط فی الرّابطی و الرابط،رساله‌ای در اثبات عالم مثال،رساله جعل،رساله رؤیا،رساله مثل،رساله نفس الأمر،رساله نهج الولایه،رساله فی التضّادّ،صد کلمه،عیون مسائل نفس و سرح العیون فی شرح العیون،گشتی در حرکت،گنجینه گوهر روان،معرفت نفس، مفاتیح الأسرار لسلّاک الاسفار، من کیستم، نثرالدّراری علی نظم اللئالی، نصوص الحکم بر فصوص الحکم
کلامی
تقدیم و تصحیح و تعلیق رساله قضا و قدر محمد دهدار، تقدیم و تصحیح و تعلیق کشف المراد فی شرح تجرید الاعتقاد، رساله حول الرؤیه، رساله خیر الاثر در رد جبر و قدر، رساله فی الامامه، فصل الخطاب فی عدم تحریف الکتاب ربّ‌الارباب
تفسیری
انسان و قرآن، تصحیح خلاصه تفسیر المنهج الصادقین
روایی
انسان کامل از دیدگاه نهج البلاغه، تصحیح سه کتاب ابی الجعد، نثراللئالی، طبّ الائمه، تصحیح نهج البلاغه، تکمله منهاج البراعه، رساله‌ای در اربعین، شرح چهل حدیث در معرفت نفس، مصادر و مآخذ نهج البلاغه
رجالی
اضبط المقال فی ضبط اسماء الرجال، وجیزه‌ای در ترجمه و شرح زندگی علامه طباطبایی قدس سرّه
فقهی
تعلیقات علی العروه الوثقی، مجیزه‌ای در مناسک حج
ریاضی و هیئت
استخراج جداول تقویم، تصحیح و تعلیق اکر مانالاوس،تصحیح و تعلیق الدّر المکنون و الجوهر المصون، تصحیح و تعلیق تحریر اقلیدس، تصحیح و تعلیق تحریر اکر ثاوذوسیوس، تصحیح و تعلیق تحریر مجسطی، تصحیح و تعلیق تحریر مساکن ثاوذوسیوس، تصحیح و تعلیق شرح بیرجندی بر بیست باب، تصحیح و تعلیق شرح بیرجندی بر زیج الغ بیک، تصحیح و تعلیق شرح چغمینی، تعلیقه بر رساله قبله مولی مظفر، دروس معرفت اوفاق، دروس معرفه الوقت و القبله، دروس هیئت و دیگر رشته‌های ریاضی، رساله‌ای، پیرامون فنون ریاضی، رساله‌ای در مطالب ریاضی ، رساله ظلّ، رساله میل کلی، رساله تعیین سمت قبله مدینه، رساله تکسیر دائره، رساله فی الصبح و الشفق، رساله فی تعیین البعد بین المرکزین و الاوج، شرح زیج بهادری، شرح قصیده کنوزالاسماء، سی فصل در دائره هندیه
ادبی
دیوان اشعار، امثال طبری، تصحیح کلیله و دمنه، تصحیح گلستان سعدی، تصحیح و اعراب اصول کافی، تعلیقه بر باب توحید حدیقه الحقیقه، تعلیقه بر قسمت معانی مطوّل، دیوان اشعار (کتاب «تنظیم و تصحیح دیوان اشعار علامه حسن‌زاده آملی» مجموعه‌ای است از اشعار وی که توسط سید سعید هاشمی جمع‌آوری شده و انتشارات «الف. لام. میم» آن را منتشر کرده‌است.)
